Rada powołuje komisje, które pełnią funkcje pomocnicze. Główne zadania komisji to przede wszystkim:
- doradztwo i inicjowanie działań rady,
- opiniowanie projektów uchwał przygotowywanych przez inne podmioty (inną komisję, Prezydenta Miasta Krakowa, Przewodniczącego RMK, grupę radnych),
- kontrola wykonywania uchwał rady oraz wniosków komisji RMK,
- ocena informacji składanych przez prezydenta miasta, miejskie jednostki organizacyjne, dzielnice miasta oraz współpraca z innymi komisjami.
Funkcje kontrolne pełni Komisja Rewizyjna, która sprawdza działalność prezydenta miasta oraz gminnych jednostek organizacyjnych pod względem legalności, rzetelności i gospodarności. W skład Komisji Rewizyjnej wchodzą radni, w tym przedstawiciele wszystkich klubów. Komisja Rewizyjna opiniuje wykonanie budżetu miasta i występuje z wnioskiem do rady miasta w sprawie udzielenia bądź nie udzielenia absolutorium prezydentowi miasta. Wniosek w sprawie absolutorium podlega zaopiniowaniu przez Regionalną Izbę Obrachunkową. Komisja Rewizyjna wykonuje też inne zadania zlecone przez radę w zakresie kontroli.
Komisje Rady Miasta Krakowa VI kadencji:
- Komisja Główna
- Komisja Planowania Przestrzennego i Ochrony Środowiska Komisja Rewizyjna
- Komisja Praworządności
- Komisja Budżetowa
- Komisja ds. Reformy Ustroju Samorządowego, Współpracy i Dialogu Społecznego
- Komisja Dyscyplinarna
- Komisja Rodziny i Polityki Społecznej
- Komisja Edukacji
- Komisja Rozwoju i Innowacji
- Komisja Infrastruktury
- Komisja Sportu, Turystyki i Kultury Fizycznej
- Komisja Kultury, Promocji i Ochrony Zabytków
- Komisja ds. Wykorzystania Funduszy Unii Europejskiej
- Komisja Mienia i Przedsiębiorczości
- Komisja Zdrowia i Profilaktyki oraz Uzdrowiskowa
