Karol Wojtyła często modlił się w tym kościele przy relikwiach św. Jana Kantego, profesora i rektora Akademii Krakowskiej z XV wieku. Przyszły papież stawiał świętego za wzór pracownikom nauki i studentom. Odwiedzając Kraków w 1997 r., w kolegiacie akademickiej św. Anny, wygłosił pamiętne przemówienie do pracowników nauki z okazji 600-lecia Wydziału Teologicznego UJ.