Kościół na łagiewnickim wzniesieniu gościł Jana Pawła II, gdy w czasie II wojny światowej pracował On jako robotnik w pobliskich Zakładach Sodowych Solvay. Będąc następcą św. Piotra przybył do Sanktuarium - 7 czerwca 1997 r. Powiedział wtedy m.in.: "Orędzie miłosierdzia Bożego zawsze było mi bliskie i drogie. Historia jakby wpisała je w tragiczne doświadczenie II wojny światowej. W tych trudnych latach było ono szczególnym oparciem i niewyczerpanym źródłem nadziei nie tylko dla Krakowian, ale dla całego narodu. Było to i moje osobiste doświadczenie, które zabrałem ze sobą na Stolicę Piotrową i które niejako kształtuje obraz tego pontyfikatu".
Dnia 17 sierpnia 2002 r. Jan Paweł II poświęcił nowo wybudowaną Bazylikę i dokonał Aktu Oddania Świata Miłosierdziu Bożemu.