W tutejszych kościołach (na terenie całego miasta jest ich ponad sto) spoczywają doczesne szczątki dziewięciu świętych (m.in. św. Stanisława ze Szczepanowa, św. Jacka i św. Faustyny Kowalskiej), siedmiu błogosławionych, a także wielu Sług Bożych (osiem z tych osób wyniósł na ołtarze Jan Paweł II).
Groby niektórych z nich, ulokowane w dziewiętnastu przepięknych krakowskich kościołach, ułożyły się w „Krakowski Szlak Świętych”, prezentujący dzieje miasta zapisane życiem świętych biskupów, misjonarzy, kaznodziejów, królów i książąt, skromnych kapłanów, sióstr i braci zakonnych oraz ludzi świeckich.
W Krakowie, w bazylice oo. Dominikanów, został pochowany św. Jacek Odrowąż − jedyny spośród 139 świętych przedstawiciel Polski na kolumnadzie Berniniego na Placu Św. Piotra w Rzymie. W każdą niedzielę, o godz. 15.30, w bazylice oo. Franciszkanów (pl. Wszystkich Świętych 5) odprawiana jest msza święta w języku włoskim. To prawdopodobnie nawiązanie do czasów, gdy przy kościele działało Bractwo Włoskie. Do dziś znajduje się tu zwana włoską kaplica św. Jana Chrzciciela, w której podziemiach chowano zmarłych członków bractwa.
JAN PAWEŁ II
Tylko w Krakowie można znaleźć miejsca związane z całym życiem Jana Pawła II. Są takie, które pamiętają Karola Wojtyłę jako studenta polonistyki, robotnika i aktora. Takie, w których bywał jako seminarzysta, gdzie odprawiał swoje pierwsze msze święte, i takie, z którymi był mocno związany jako uniwersytecki wykładowca, duszpasterz studentów i rodzin czy metropolita krakowski. Kraków to wreszcie miasto pełne miejsc, które ukochał i do których chętnie wracał Jan Paweł II, głowa Kościoła katolickiego (jako papież odwiedził Kraków aż siedem razy).
Pałac Biskupi w Krakowie przy ul. Franciszkańskiej 3 – tam, 10 sierpnia 1944 roku, wprowadził się Karol Wojtyła, student konspiracyjnego Wyższego Seminarium Duchownego Archidiecezji Krakowskiej. Tam, w prywatnej kaplicy księcia kard. Adama Sapiehy, przyjął z rąk hierarchy święcenia kapłańskie (1 listopada 1946 r.). W budynku Kurii Metropolitalnej w Krakowie pełnił posługę biskupa (od 1958 r.), a potem metropolity krakowskiego, aż do 1978 r. – do dnia wyboru na Stolicę Apostolską. Także po wyjeździe do Watykanu miejsce to nigdy nie przestało być dla niego domem. Wszyscy doskonale pamiętają wypowiedziane podczas jednej z pielgrzymek do Polski słowa Jana Pawła II: „Jakby się kto pytał, Franciszkańska 3”. Ojciec Święty mieszkał w pałacu podczas każdej z pielgrzymek do Krakowa. To dzięki niemu okno znajdujące się nad wejściem do Pałacu Biskupiego w Krakowie stało się jednym z najbardziej rozpoznawalnych okien na świecie, a pogawędki Jana Pawła II z młodzieżą zgromadzoną pod „papieskim oknem” – nieodłącznym elementem jego krakowskich wizyt.
W podziemiach katedry na Wawelu, w krypcie św. Leonarda, 2 listopada 1946 r. ks. Karol Wojtyła odprawił swoją pierwszą mszę św. W uroczystość św. Wacława, patrona katedry, 28 września 1958 r., został konsekrowany na biskupa. Bazylika Mariacka pamięta Karola Wojtyłę – spowiednika i kaznodzieję (w latach 1952–1957). Krakowskie ścieżki Jana Pawła II prowadzą też do Domu pod Lipkami (przy ul. Księcia Józefa 55a) − przed wojną Karol Wojtyła, student polonistyki, przychodził tam w odwiedziny do państwa Szkockich, by podyskutować m.in. o teatrze. W domu przy ul. Szwedzkiej 12, gdzie w czasie wojny musieli się przeprowadzić państwo Szkoccy, „babcia Szkocka” (Irena Szkocka) opiekowała się młodym Karolem po tym, jak w lutym 1944 r. potrąciła go niemiecka ciężarówka.
Z Janem Pawłem II związane są też krakowskie Błonia (jeden z największych w Europie obszarów zielonych, położonych w centrum miasta, który zamieni się podczas Euro 2012 w centrum atrakcji sportowych), na których msze święte odprawiane przez papieża Polaka gromadziły setki tysięcy ludzi. Te niezwykłe spotkania upamiętnia ważący 26 ton granitowy głaz przywieziony z okolic Morskiego Oka oraz przymocowany do niego napis: „Ty jesteś skała”.
W Kaplicy Najświętszego Sakramentu kościoła św. Floriana, w którym Karol Wojtyła pracował jako wikariusz w latach pięćdziesiątych XX wieku, znajduje się klęcznik, na którym wikary Wojtyła modlił się przed wizerunkiem Matki Boskiej. Dla upamiętnienia w podparcie klęcznika wbudowana została gablota z papieską piuską i różańcem podarowanym parafii przez Ojca Świętego w 2004 r.
Imię Jana Pawła II noszą również ważne krakowskie miejsca i instytucje – np. port lotniczy w Krakowie-Balicach, szpital specjalistyczny czy uniwersytet. Upowszechnianiem jego nauki zajmuje się Centrum Jana Pawła II „Nie lękajcie się”, którego siedziba powstaje w Krakowie-Łagiewnikach. W ołtarzu kościoła, wybudowanego na terenie Centrum umieszczono ampułkę z krwią Ojca Świętego, którą przywiózł do Krakowa kard. Stanisław Dziwisz, osobisty sekretarz Jana Pawła II, obecnie metropolita krakowski. Konsekrowane przez Ojca Świętego w 2000 r. sanktuarium w Krakowie-Łagiewnikach, zyskało rangę światowego centrum kultu Bożego Miłosierdzia. Prezydent Rzymu Giovanni Alemano podczas jednej ze swoich wizyt w Krakowie napisał w księdze pamiątkowej miasta: Giovanni Paolo II è il grande ponte spirituale che tiene unite Cracovia e Roma in una grande amicizia. (Jan Paweł II to duchowy most łączący Kraków i Rzym silną więzią przyjaźni).