Jak podkreślono w umowie: "Celem działalności Instytutu Dialogu Międzykulturowego im. Jana Pawła II w Krakowie będzie upamiętnianie, upowszechnianie i twórcze rozwijanie dziedzictwa, które pozostawił po sobie Ojciec Święty Jan Paweł II oraz inspirowanie w oparciu o te wartości nowych inicjatyw o wymiarze uniwersalnym, promowanie duchowości, kultury i tradycji związanej z osobą Ojca Świętego Jana Pawła II oraz dialogu między religiami i kulturami, a także działalność naukowa, kulturalna i edukacyjna".